Перепрограммировать нельзя. Точнее можно, но стоить будет сопоставимо с бюджетом самого авто в Вашем случае.
Касательно полного привода и так далее - не стоить плодить родственные по контексту темы. Теоретически, коробка от ХС90Т6 встанет болт в болт, если опустить электронную часть. Но, ввиду особенностей и форм-фактора самой коробки, блок угловой передачи на этом моторе очень сильно смещен вправо, почти в край центрального тоннеля. Если визуально сравнить тоннели ХС90 и Ы80, то можно увидеть, что физически разместить кардан в Ы80 при такой компоновке невозможно. Ваш пример с 2.5Т АВД не катит, т.к. на нем коробка имеет привычную форму, и угловая передача, точнее её выход на кардан, размещен по центру тоннеля.
Далее. Особенности передаточных отношений и так далее не позволят совместить силовой агрегат от Т6 с задним редуктором от 2.5Т. А редуктор от ХС90, тем паче вместе с подрамником в ы80 не влезет физически.
Ну и самое простое и логичное - а накуа? Бюджет подобной переделки в Вашем случае (стоимость Вашего автомобиля 250 тыс +/-50) значительно превысит стоимость автомобиля в целом. Если с культовым автомобилем, или со свежим, это бы еще и имело смысл, тут, мое сугубо личное мнение, смысла нет вообще никакого. За 400 тысяч можно найти Ы80 2.5Т авд в приемлемом состоянии.